之所以会出现纳税人已缴税额和已申报税额不一致的情况，是因为我国个税计税方式发生了改变，从2019年起，个人所得税采用每月预缴预扣、次年综合汇算的计算方法，也就是说纳税人平时在发放工资时所扣的个人所得税属于预缴税费，这并不代表实际应纳税额。

如果年度综合汇算应纳税额小于预缴税费，那么纳税人就可以申请退税，若年度综合汇算应纳税额高于预缴税费，纳税人就可能需要补交税费。