如果员工主动辞职，单位应按照法律法规的规定，如劳动合同法等，进行办理流程。以下是员工主动辞职单位办理流程的基本步骤：

确认员工的离职要求：单位应当核实员工的离职申请，明确员工离职的原因和时间。

签订离职协议：单位应向员工提交离职协议，尽可能达成双方共识，明确离职时间、未了结事宜等问题。

填写离职手续表：单位应当向员工提供离职手续表，员工需要填写相关信息，如离职原因、离职日期等。

结算工资和社会保险费：单位需要结算员工工资和社会保险费，并向员工发放相应的离职证明和证明材料。

获取员工离职清单：单位需要获取员工离职清单，清单内容应包括员工的工资、社会保险、加班、调休等应得的权益。

解除劳动合同：最后一步是解除员工的劳动合同。单位必须按照有关法律法规的规定办理相关手续，从劳动合同签订、工作岗位变动到工资、保险等的结算都需要逐一处理，确保结束的事项及资金分配到位、清晰明确。完成后，可以草拟工作证明书等相关证明材料。

需要注意的是，单位在办理员工离职手续过程中，应当严格遵循相关法律法规的规定，并与离职员工保持良好的沟通，确保双方合法权益得到保障。