杭州南站地铁站是杭州市地铁1号线和5号线的换乘站，共有6个出口，分别为A、B、C、D、E、F出口。其中，A、B出口位于站厅南侧，C、D、E、F出口位于站厅北侧。A、B出口通往杭州南站高铁站，C、D、E、F出口则通往周边的城市道路和住宅区。杭州南站地铁站是杭州市交通枢纽之一，出口设置合理，方便乘客出行。