根据中国人民银行发布的规定，企业在减员后15个工作日内需将员工工资、社保、住房公积金等款项结清，并及时缴纳相关费用。因此，灵活就业减员后公司应在15个工作日内结清员工各项费用，并及时缴纳相关费用。建议企业在减员前提前做好费用结算和缴费准备，确保公司遵守相关法规，避免不必要的纠纷。