工抵房按揭房款一般由借款人直接向银行或抵押贷款机构还款，即房款直接打入银行或机构指定的还款账户，也可以通过预授权扣款或其他方式自行还款。

在按揭期间，借款人需要按时还款，否则将面临逾期罚息和逾期费用，甚至可能导致抵押房屋被拍卖或强制执行。

因此，借款人需要严格遵守还款计划，确保按时还款，否则将对自己造成不良影响。