整体认读音节和韵母在汉语拼音中各自扮演着不同的角色，具有显著的区别。

整体认读音节是指汉字中常出现且不能由声母和韵母拼合而成的音节，共有16个，包括zhi、chi、shi、ri、zi、ci、si、yi、wu、yu、ye、yue、yuan、yin、yun、ying。这些音节是汉字拼音的一部分，有助于我们准确地读出汉字。

而韵母则是汉语字音中声母、字调以外的部分，普通话中共有39个韵母。韵母由韵头、韵腹、韵尾三部分组成，在发音时，韵腹是发音的关键，韵头和韵尾则起到辅助的作用。按韵母结构可分为单韵母、复韵母、鼻韵母，它们在发音上各有特点，构成了汉语丰富的语音系统。

因此，整体认读音节和韵母的主要区别在于它们的构成和功能。整体认读音节是特定的、不可拆分的音节，而韵母则是音节中的一部分，与声母共同构成了完整的音节。在学习汉语拼音时，我们需要掌握这两者的区别，以便更好地理解和运用。