和朋友开公司最重要的协议是合伙协议，该协议约定了合作关系的权利、义务和分配比例等方面内容。此外，还要签署股东协议、劳动合同、借款合同等相关文件。这些协议是保障公司运营的基础，应当认真履行。在签署之前，应当认真审核条款，确保符合双方意愿，并且咨询专业人士的意见，避免后期发生争议。

此外，在协议签署后，双方在运营过程中需要严格按照约定执行，保持沟通，协作共赢。