目前酿造微生物酵母菌种类繁多，按照功能可分为酿酒、烘焙、食品、饮料等多个类别，不同的酿造需求需要使用不同的酵母菌。

常见的酿酒酵母有S. cerevisiae、S. bayanus、S. pastorianus等，在啤酒、葡萄酒等酿造中经常使用到；烘焙酵母主要有S. cerevisiae和S. exiguus等；食品酵母有S. cerevisiae、C. milleri、S. pombe等，用于面包、发酵食品等的制造。

此外，还有一些特殊的酿造酵母，如蒸馏酒产生过量的丙酮的问题，因此加入“丙酮酵母”;在酵母菌类别中还有安全性高、耐受力强之类的基因改变高效酵母菌。