平齿根花键与圆齿根花键的主要区别体现在齿根的形状和其对性能的影响上。

齿根形状：平齿根的齿根形状是平的，而圆齿根的齿根形状是圆的。这种形状差异导致了两者在性能和应用上的不同。

齿的抗弯（疲劳）强度：圆齿根的齿抗弯（疲劳）强度较高，这意味着它更能承受弯曲和疲劳负荷，因此在需要承受较大负荷的场合，圆齿根花键更为适用。而平齿根花键的抗弯（疲劳）强度相对较低。

刀具制作难度：圆齿根花键的刀具制作相对复杂，难度较高，因此其加工成本可能也会相应增加。相比之下，平齿根花键的刀具制作较为简单。

综上所述，平齿根花键和圆齿根花键在齿根形状、抗弯（疲劳）强度和刀具制作难度等方面存在差异。在选择使用哪种花键时，需要根据具体的应用场景和需求进行考虑。