杂交梅花鹿和纯种梅花鹿在身体形态、色斑形状和免疫力等方面都存在差别。

杂交梅花鹿的身体形态介于父母两者之间，比纯种梅花鹿更大一些，颈项和肩部也更加粗壮，脖子上的白斑也不如纯种明显。

杂交梅花鹿的斑纹形状则没有纯种梅花鹿那么整齐清晰，且总体颜色较浅。

在免疫力方面，杂交梅花鹿的抗病能力相对纯种梅花鹿较强，但对于某些梅花鹿瘟等疾病依然缺乏有效的免疫保护。