物流费用的进项税额抵扣率主要取决于纳税人的身份和所提供的服务类型。一般纳税人可以按照6%或11%的税率进行抵扣，而小规模纳税人则按照3%的征收率计算。在抵扣时，还需注意只有运费部分可以抵扣，其他如装卸费、保险费等杂费则不可抵扣。