经政府批示在自家的院子里建房的不算违法建筑。农村的土地所有权都属于村集体，未经批准不可以随意在院子里建房。建房需向当地村委会提出申请，经乡镇人民政府土地管理部门批准、下发土地使用权和规划许可证后方可修建。