深圳新能源车牌申请绿牌的流程如下：

1.关注“深圳交通”微信公众号；

2.点击菜单栏【微服务】，然后点击【小汽车摇号】，再点击【填报申请】，然后阅读《深圳市小汽车增量调控管理实施细则》点击【下一步】填写相关信息，点提交即可。