《生死第六天》的主要内容是围绕一起神秘的失踪事件展开的。故事发生在航天部西北第063基地，主角兰星烈上校发现刚刚造好的“天女图三号”宇宙飞船在众目睽睽之下突然失踪。这艘飞船是由全国数百个厂家的万余名工人和技术人员花费了100亿元人民币，经过十年的努力建造的。

在飞船失踪的当天，当总工程师要求给飞船所在的试验场周围加上一个50,000高斯的强磁场时，飞船突然冒出一种绿色的光芒，然后整个飞船就在人们眼皮底下消失了。

这一事件给整个基地带来了恐慌和混乱，人们开始怀疑这一切背后是否隐藏着更深的秘密。