港珠澳穿梭巴士在香港停靠点有两个，分别是香港西九龙站和香港国际机场。具体位置如下：

1. 香港西九龙站：位于香港九龙区弥敦道西九龙站内，乘坐港珠澳大桥穿梭巴士需要在B2层的候车区上车。

2. 香港国际机场：穿梭巴士停靠点位于机场客运大楼的GTC（Ground Transportation Centre），乘客需要从机场到达2号客运楼的B3层，然后前往GTC。