如果职工同时缴纳了社保和新农合，需要及时联系所在单位的人事部门或社保部门进行咨询和解决。一般情况下，不允许同时缴纳两种保险，需要选择其中一种进行缴纳。根据个人情况和需要，可以通过取消其中一种保险的缴纳，或者按照相关规定退还其中一种保险的费用等方式解决。具体操作过程和退费政策可能会根据不同地区的规定有所不同，建议及时与相关部门进行沟通。