不能代替经营单位。

虽然生产企业负责人安全资格证是针对企业负责人的特定资格证书，但它并不能代替经营单位。

因为经营单位的负责人需要持有的资格证书不仅仅是安全资格证，还有其他的行业相关证书，例如财务、法律等方面的证书，这些证书都是不可或缺的。

所以，生产企业负责人安全资格证无法替代经营单位要求的其他证书。

此外，值得注意的是，不同行业对负责人的管理要求也不同，安全资格证仅仅是其中的一种，不同行业有不同的管理要求，负责人需要具备的资质证书也会不同。

因此，在考虑任命经营单位负责人时，应当根据该行业的特点和要求进行全面考虑，不可仅仅以某一种证书为准。