针对顶楼有小柱子需要做防水的问题，可以采取以下措施：

首先，需要确保小柱子的表面干净、干燥、无油污和灰尘等杂质，以便防水材料能够紧密粘附在其表面。可以使用高压水枪或刷子清洗小柱子表面。

接下来，可以选择适合的防水材料对小柱子进行防水处理。常用的防水材料包括防水涂料、防水卷材等。在选择防水材料时，需要考虑其耐候性、耐水性、抗老化性能等因素，以确保防水效果持久可靠。

在涂抹防水材料前，可以先在小柱子表面涂刷一层底漆，以增加防水材料与基材的粘附力。然后，按照防水材料的施工要求，均匀涂抹或铺设在小柱子表面，确保无遗漏、无气泡、无裂缝。

防水层施工完成后，需要进行养护和保护，避免外力损坏或刺穿防水层。可以在小柱子周围设置保护栏或警示标识，以提醒人员注意避免碰撞。

最后，为了确保防水效果，可以进行淋水试验或雨后检查，观察小柱子周围是否有渗漏现象。如果发现渗漏问题，需要及时处理并重新进行防水处理。

总之，针对顶楼有小柱子需要做防水的问题，需要选择合适的防水材料、严格按照施工要求进行施工、加强养护和保护等措施，以确保防水效果持久可靠。