专项扣除是根据个人实际情况确定的，是在个人所得税汇算前就已经扣除的。按公司扣除是指公司在代发员工工资时计算专项扣除以后，直接从工资中扣除相应的税款。

年底综合汇算是个人在一年的收入和各种扣除项目都确定后，进行全年总收入和总扣除项目的抵扣计算，最终确定个人应纳税款。

因此，专项扣除按公司扣除只是其中的一个环节，最终个人所得税的计算还要进行年底综合汇算。