黄浦江的水从源头开始就是淡水，其主要供应水源来源于长江的清澈甘甜的淡水两干支流松花江和内蒙古黑龙江与海南岛、浙江岛山地的涓涓细流等； 黄浦江上游地区有许多山泉和河流汇入，这些水源都是源自山区，由于没有受到农业、工业、生活等活动的污染，水质纯净、清澈。

而黄浦江入海口处则是淡水与海水交汇处，由于长期冲刷冲淡了海水的盐分，没有污染源的黄浦江水仍然保持着淡水的性质。因此，黄浦江的水是淡水。