柯基犬的眼睛颜色主要有深棕色、黄色、蓝色和灰色。

柯基犬的眼睛轮廓不是圆形的，是杏核形的，眼睛不能过度突出。眼睛周围有黑色的眼线，眼线不够黑也是一个缺陷。其中蓝色眼睛属于失格，是由于色素不够好所致，一般会和脸部的花色失格一起出现，是由于虹膜白化导致。纯种柯基犬通常有一双深棕色的眼睛，周围有一圈深黑色的毛发，呈杏仁状。