南京南站应该是在二楼乘坐高铁或者动车。南京南站高铁站是华东地区的高铁客运抠纽站点，进站口位于地上三层，检票进入候车大厅后找到自己车次对应的检票口，按照规定时间验票并乘电梯下一层后到达站台，所以，乘坐高铁动车应该是在地上二楼。