如果遇到违法占地案件找不到主体，可以按照以下程序进行立案：

1. 报案：将情况报告给家庭住址所在公安派出所或者违法占地所在地的城市管理、环保、房管等部门，向其提供确凿的证据。

2. 调查取证：接受立案部门的调查取证，包括现场勘验、取证材料等，查明违法事实。

3. 公开公示：在违法占地现场或者相关媒体上，对立案事由进行公示，公示期为15天。

4. 裁决处理：在公示期结束后，根据调查取证结果，对涉及的违法行为进行裁决处理，要求当事人限期拆除、清理整改，同时按照相关法规对其进行罚款、强制执行等。

如果运气好，在调查过程中可能会找到主体，并要求其承担相关责任。如果找不到主体，立案部门会根据相关法规和程序进行处理，确保公共资源的保护和维护。