根据《社会保险法》和《社会保险费征收管理办法》，公司未足额缴纳社保基数应全员补交，不能只补交一部分员工。社保是所有员工的权益，公司未足额缴纳社保可能会影响员工的社保权益，也会受到相关法律法规和部门的惩罚。

因此，公司一旦发现未足额缴纳社保基数的问题，应及时进行全员补交，确保员工的社保权益不受影响，同时遵守相关法律规定，保持合规经营。