巴里坤边境通行证可以在中国国家出入境管理局和新疆维吾尔自治区公安厅办理。

这是因为巴里坤边境是中国与哈萨克斯坦之间的交通口岸，需要通过谈判协商来制定申请通行证的程序和要求。

如果您需要办理巴里坤边境通行证，建议您前往最近的出入境管理局或公安厅咨询。

部分地区还可以在线申请巴里坤边境通行证。