男女生异瞳的主要区别在于性别上。异瞳是指一个人的两只眼睛中有一只或两只是不同颜色的瞳孔，这种状况在人类中并不罕见。然而，这种情况大多是因瞳孔膜存在一些颜色缺陷，导致在视力方面可能会有些许差异。但值得注意的是，异瞳并不会影响眼球的光线接收和感觉，因此从功能角度看，两者并没有本质的区别。