中控考勤机在设置跨天考勤时间时，需要进入设置菜单，找到“加班设置”选项，选择“跨天加班”模式，并输入起始时间和结束时间。

如果有夜班加班，还需要设置“夜间加班”模式并输入夜班的起始和结束时间。

设置好后，系统会自动识别加班时间是否跨天，并自动计算加班时长。同时，还需将考勤机的日期与实际日期保持一致，确保考勤数据的准确性。