员工电瓶车在公司丢失，公司是否有责任，取决于多个因素。如公司是否提供了安全的停车设施、是否有明确的安全管理规定并告知员工等。

如果公司未尽到合理的安全保障义务，导致员工电瓶车丢失，那么公司应承担相应的责任。因此，具体情况需具体分析，建议咨询法律专业人士获取准确答案。