最佳的南寺旅行时间是在秋季和春季。秋季（9月到11月）是南寺最清爽、最美丽的季节，气温适宜，景色宜人，游客较少。

春季（3月到5月）是花开的季节，南寺周围的樱花、杜鹃花和桃花盛开，美不胜收。

夏季（6月到8月）南寺气温较高，人流量大，不适合旅游。

冬季（12月到2月）南寺气温较低，有时会下雪，但景色也很美。总之，秋季和春季是南寺最宜旅游的季节。