是的，公司制度可以包括工作流程。工作流程是指公司内部各个部门之间的工作流转，包括工作的分配、审批、汇报和协作等方面。公司制度可以规定和规范这些工作流程，以确保公司的日常运营和管理能够高效有序地进行。