如果无锡电瓶车违章单子丢失了，可以通过以下步骤进行缴费：

首先，需要到当地交警部门办理违章处理手续，提供车辆信息和违章时间等相关信息。

其次，根据交警部门的要求，可以选择线上或线下缴纳罚款，线上可以通过支付宝、微信等电子支付方式进行缴纳，也可以到银行窗口或自助缴费机进行缴纳。

最后，缴费完成后，需要保存好相关缴费凭证，以备后续查证使用。总之，即使违章单子丢失了，也不能忽视违章处理，应该积极主动地去办理相关手续，避免因此带来更多的麻烦。