开凿石门隧道采用的主要方法是爆破和机械掘进相结合。在挖掘时，先利用机械设备开挖出隧道的大部分部分，然后再用爆破技术炸裂掉难以用机械设备挖掘的部分。这样可以提高作业效率，缩短工期，降低成本。同时，由于石门隧道所处地质条件较为复杂，为了确保工程施工的安全性和顺利进行，还需要采取一系列有效的监测、预测和控制措施，如地质勘察、地质调查、仪器监测等。