南京市于2018年12月1日开始实施《南京市非机动车管理条例》，其中规定货运三轮电动车需要注册登记并按规定办理保险等手续，且只能在规定路线和时间内运营。此外，该条例还对非机动车道、禁行区域等作出了具体规定，骑行者需严格遵守。综合来看，南京市允许骑行货运三轮电动车，但需符合相应条例规定，如未按规定操作将被处罚。