蜈支洲岛和西岛的海水质量有一定的差异。蜈支洲岛因为地理位置比较偏远，海水质量相对较清澈，水质较好。而西岛则是著名的潜水胜地，其海水清澈透明，具有较高的透明度和良好的水质，可以看到各种海洋生物和美丽的珊瑚礁，深受潜水爱好者的青睐。因此，二者的海水质量在某些方面可能有着不同的优劣。