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河南省网上申请公司注册的流程如下：

网上查询公司名称。进入河南省市场监督管理局网站，进入“注册登记-企业名称管理-企业名称查询”页面，输入想要注册的公司名称，进行查询，如果该公司名称已经被注册或被预先核准，就需要更换其他名称。

填写网上申请表格。进入官方网站的“企业在线注册”页面，根据要求填写公司基本信息、股东信息、经营范围、注册资本等相关信息，上传相关附件等。

缴纳费用。填写完申请表格后，根据页面提示和要求，完成缴纳公司注册相关费用的操作。

审核与公告。等待相关部门的审核，审核通过后进行公司公告，需要在指定媒体上进行公示公司名称、法人代表、注册资本、经营范围等信息。