巴马瑶族自治县有1个镇、11个乡。即辖1个镇、11个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、局桑乡、西山乡、平洞乡、东山乡、凤凰乡、那桃乡、百林乡。