如果保险90天等待期内查出疾病，需要先查看保险合同中的具体条款，了解保险公司对此等待期的规定。如果符合规定，可以提交相关医疗证明和申请材料，向保险公司提出理赔申请。若不符合规定，可能需要等待等待期结束后再提出理赔申请。