如果在银行自动存款机存款时超过了机器设定的时间，有可能会导致存款失败或者被机器吞回。这种情况下，最好联系银行工作人员寻求帮助。银行可能需要您提供相关的证明文件或者账户信息，并进行审核才能将钱款入账。因此，对于存款超时问题，最好尽快联系银行进行处理，以避免不必要的麻烦。