不会取消部分养老金。

因为在我国，判刑后如果没有被剥夺政治权利，仍然享有养老金的权利，而且判刑不影响工龄，工龄是计算养老金的重要因素之一。

所以工厂所交的养老金部分不会因为判刑而被取消。

值得注意的是，如果犯罪行为涉及到财务问题，可能会影响到企业的年金缴存，相关部门可能会对企业的社保缴纳进行调查和惩罚。