合作医疗第二年不会清空。

合作医疗是一种医疗保险制度，旨在为参保人提供基本医疗保障。

根据合作医疗的规定，参保人每年需要支付一定的个人缴费，以及享受一定的医疗保障。

这意味着，每年的个人缴费都会积累到个人账户中，而不会在第二年清空。

个人账户中的资金可以用于支付医疗费用，包括门诊、住院、手术等。

如果参保人在某一年没有使用完个人账户中的资金，剩余的金额将会继续保留在个人账户中，可以在以后的年份继续使用。

这种设计的目的是为了鼓励参保人积累个人账户中的资金，以备不时之需。

同时，也能够更好地保障参保人的医疗需求，避免因为个人账户清空而导致医疗费用无法支付的情况发生。

因此，合作医疗第二年不会清空个人账户中的资金，参保人可以继续使用个人账户中的资金来支付医疗费用。

这样的设计可以更好地保障参保人的医疗需求，并提供更加可靠的医疗保障。